Après avoir choisi votre statut juridique, une question s'impose immédiatement : comment gérer votre comptabilité ? Entre tableur artisanal, logiciel dédié et expert-comptable, les options sont nombreuses — et les contraintes varient fortement selon votre statut.
Ce guide fait le point sur vos obligations comptables par statut en 2026, les meilleurs logiciels du marché, et comment choisir en fonction de votre profil.
Obligations comptables par statut : ce que la loi exige
Micro-entrepreneur
La micro-entreprise bénéficie du régime comptable le plus simplifié qui soit. Vous êtes uniquement tenu de :
- Tenir un journal des recettes : date, montant, nature, client
- Conserver toutes vos factures émises
- Tenir un registre des achats si votre activité est commerciale (vente de marchandises)
Pas de bilan, pas de compte de résultat, pas de liasse fiscale. Un simple tableur ou même un cahier peut suffire légalement — mais un logiciel de facturation reste très utile pour professionnaliser vos factures et éviter les erreurs.
EI au régime réel (BNC ou BIC)
L'entrepreneur individuel au régime réel a des obligations comptables plus structurées :
- BNC (professions libérales) : livre-journal des recettes et dépenses, registre des immobilisations. Déclaration 2035 annuelle.
- BIC (activités commerciales/artisanales) : comptabilité d'engagement (créances et dettes), bilan simplifié si CA < 840 000 € (services) ou 247 000 € (BNC). Déclaration 2031 annuelle.
La comptabilité de caisse (BNC) est plus simple que la comptabilité d'engagement (BIC). Un logiciel de comptabilité adapté reste fortement recommandé pour suivre les charges déductibles et préparer votre déclaration fiscale.
EURL et SASU soumises à l'IS
Les sociétés ont les obligations comptables les plus lourdes :
- Comptabilité d'engagement complète (règle de séparation des exercices)
- Bilan comptable + compte de résultat + annexes annuels
- Dépôt de la liasse fiscale (formulaires 2065 IS) au greffe dans les 6 mois après la clôture
- Approbation des comptes en Assemblée Générale Ordinaire (avant le 30 juin)
Pour une EURL ou SASU, un logiciel de comptabilité seul peut ne pas suffire dès que l'activité se développe — un expert-comptable devient souvent incontournable.
| Statut | Obligations comptables | Difficulté |
|---|---|---|
| Micro-entrepreneur | Journal des recettes, factures | ⭐ Très simple |
| EI BNC | Livre-journal recettes/dépenses, 2035 | ⭐⭐ Simple |
| EI BIC | Comptabilité d'engagement, 2031 | ⭐⭐⭐ Modérée |
| EURL / SASU IS | Bilan, liasse fiscale, dépôt greffe | ⭐⭐⭐⭐⭐ Complexe |
Logiciel en autonomie vs expert-comptable : quand choisir ?
Gérer seul avec un logiciel
Un logiciel de comptabilité permet de gérer sa comptabilité en autonomie, à condition d'avoir le temps et les bases pour le faire. C'est viable principalement pour :
- Les micro-entrepreneurs : comptabilité simplissime, logiciel surtout utile pour la facturation
- Les EI BNC avec un CA modéré et peu de transactions : le livre-journal reste accessible
- Les EURL/SASU IS avec peu d'opérations : certains logiciels (Indy, Pennylane) proposent une assistance à la liasse fiscale
Quand prendre un expert-comptable ?
L'expert-comptable devient rentable et souvent indispensable dans les cas suivants :
- EURL ou SASU IS avec CA > 30–40 k€ : la liasse fiscale, les dividendes, les amortissements et les provisions dépassent les capacités d'un logiciel seul
- Situation complexe : TVA, salariés, holding, note de frais volumineuses
- Première année de création : choix du régime fiscal, immatriculation, ouverture du compte pro, statuts — l'accompagnement est précieux
- Optimisation fiscale active : dividendes, PER, frais déductibles — un comptable amorti rapidement son coût
Le coût d'un expert-comptable est lui-même déductible fiscalement pour les EI, EURL et SASU (voir section déductibilité ci-dessous) — ce qui réduit son coût réel.
Comparatif des meilleurs logiciels comptables 2026
| Logiciel | Prix mensuel | Statuts cibles | Connexion bancaire | Télétransmission / Liasse |
|---|---|---|---|---|
| Indy | Gratuit → 29 €/mois | Micro, EI, EURL, SASU | ✅ Oui (synchronisation auto) | ✅ Déclaration 2035/2031 + liasse IS |
| Pennylane | 49 €/mois (solo) → 99 €/mois (avec comptable) | EI, EURL, SASU (CA > 30 k€) | ✅ Oui (multi-banques) | ✅ Liasse IS, télétransmission EDI |
| Freeagent | 35 €/mois | Micro, EI, freelances | ✅ Oui | ⚠️ Limité (pas de liasse IS complète) |
| Evoliz | 12 €/mois → 35 €/mois | Micro, EI, TPE | ✅ Oui | ⚠️ Facturation + compta de base |
| Sage 50 | 40 €/mois | EI, EURL, SASU (volume élevé) | ✅ Oui | ✅ Liasse fiscale complète |
| Dougs | 55 €/mois (tout inclus) | EURL, SASU IS | ✅ Oui | ✅ Expert-comptable inclus dans l'abonnement |
Prix indicatifs 2026 — vérifiez les tarifs actuels sur les sites officiels des éditeurs. Les offres évoluent fréquemment.
Indy — le meilleur rapport qualité/prix pour les indépendants
Indy (anciennement Georges) est conçu spécifiquement pour les travailleurs indépendants français. Il couvre toutes les obligations comptables des micro-entrepreneurs, EI BNC et BIC, EURL et SASU. Son point fort : la synchronisation bancaire automatique et la préparation guidée des déclarations fiscales (2035, liasse IS). La version gratuite suffit pour les micro-entrepreneurs avec peu de transactions.
Pennylane — le standard pour les sociétés avec un comptable
Pennylane est devenu la référence pour les EURL et SASU qui travaillent avec un expert-comptable. La plateforme permet un accès partagé entre le dirigeant et son comptable : banque synchronisée, documents scannés, rapprochements automatiques. Idéal à partir de 30–40 k€ de CA et si vous souhaitez déléguer la comptabilité tout en gardant la main sur votre trésorerie en temps réel.
Dougs — l'expert-comptable intégré pour EURL/SASU
Dougs est une néo-comptabilité qui inclut un expert-comptable dans l'abonnement. Pour une EURL ou SASU, c'est souvent moins cher qu'un cabinet traditionnel (55–80 €/mois vs 100–200 €/mois chez un cabinet classique), avec une plateforme moderne. Leur signature électronique pour les AG et le dépôt greffe automatique sont des atouts majeurs.
Déductibilité du coût du logiciel (et du comptable) selon votre statut
| Statut | Logiciel déductible ? | Expert-comptable déductible ? | Économie réelle (TMI 30 %) |
|---|---|---|---|
| Micro-entrepreneur | ❌ Non (abattement forfaitaire) | ❌ Non | 0 € |
| EI BNC / BIC | ✅ Oui (charge déductible du bénéfice) | ✅ Oui | ~30 % du coût |
| EURL IS | ✅ Oui (charge déductible de l'IS) | ✅ Oui | ~15 à 25 % du coût |
| SASU IS | ✅ Oui (charge déductible de l'IS) | ✅ Oui | ~15 à 25 % du coût |
Exemple concret : un abonnement Pennylane à 49 €/mois (588 €/an) dans une SASU soumise à l'IS à 25 % représente un coût réel de 441 €/an après déduction fiscale. Un cabinet comptable à 1 500 €/an revient à 1 125 €/an net — souvent très rentable dès que la comptabilité devient complexe.
Pour les micro-entrepreneurs, aucune déduction n'est possible : l'abattement forfaitaire (34 %, 50 % ou 71 %) est censé couvrir l'ensemble des charges. Un logiciel comptable représente donc un coût brut sans contrepartie fiscale.
Recommandations par profil
Micro-entrepreneur — CA < 30 k€
Un logiciel de facturation gratuit ou low-cost suffit. Indy (gratuit), Evoliz (12 €/mois) ou même Shine (si vous avez un compte pro chez eux) couvrent largement vos besoins. Évitez de payer pour des fonctionnalités de bilan dont vous n'aurez pas besoin.
EI BNC — CA 30–80 k€
Indy ou Freeagent sont bien adaptés. Ils préparent la déclaration 2035 et tiennent le livre-journal automatiquement via la synchronisation bancaire. Un expert-comptable reste optionnel mais peut valoir son coût pour optimiser vos charges déductibles.
EURL IS — CA 40–100 k€
Dougs ou Indy Premium. À ce niveau, la liasse fiscale IS et le dépôt greffe justifient un outil robuste. Dougs inclut un expert-comptable pour ~55 €/mois — une économie réelle par rapport à un cabinet classique, avec un outil moderne.
SASU IS — CA > 80 k€
Pennylane + expert-comptable partenaire est la combinaison la plus répandue à ce niveau. Le volume de transactions, les dividendes, les bulletins de paie du dirigeant et les optimisations fiscales (PER, frais déductibles) nécessitent un accompagnement professionnel. Le coût est pleinement déductible de l'IS.
Intégration comptable : pourquoi c'est important
Tous les logiciels cités proposent une synchronisation bancaire automatique : vos transactions sont importées en temps réel et catégorisées automatiquement. C'est un gain de temps considérable et une source moins d'erreurs qu'une saisie manuelle.
Certains s'intègrent directement avec vos outils bancaires (Shine, Qonto, Revolut Business) et avec vos plateformes de facturation, pour un flux automatique de bout en bout : facture émise → paiement reçu → écriture comptable générée.
Pour votre expert-comptable, ces intégrations réduisent le temps de saisie — et donc votre facture annuelle.
Conclusion
Le choix du logiciel comptable dépend avant tout de votre statut et de votre CA. Les micro-entrepreneurs peuvent s'en sortir avec un simple outil de facturation. Les EURL et SASU ont besoin d'un outil capable de générer une liasse fiscale IS — et bénéficient de la déductibilité totale du coût.
Avant de choisir, calculez le coût réel après déduction fiscale : un abonnement à 50 €/mois dans une SASU IS à 25 % ne coûte réellement que 37,50 €/mois. Et si ce logiciel vous évite une heure de comptabilité par semaine, c'est un investissement largement rentable.
Vous souhaitez évaluer l'impact du coût comptable sur votre revenu net selon votre statut juridique ?